时间是公元3999年，此时临近新千年。在地球上的大街小巷里，充满着欢乐的气息。商铺灯火通明，人流不息。人们不仅是为新千年的到来而庆祝，也是为了庆祝长达千年的和平时代。科技大爆炸的时代已经结束，此时的人类社会所有门类的科技达到顶端，此时的人类文明空前繁荣。伴随着生物医疗的进步，人类已经突破了死亡的禁锢。伴随着人机界限被打破，人类也已可以选择将意识上传到云端。如果有需要，意识也可以下载回物理世界。人类的足迹开始延伸到银河系的每一个角落，并开始向临近的星系进行探险。由于物理世界资源与能源总量的限制，人口数量被控制在合理的区间。这个区间受多重因素影响，当这个数字小于合理区间时，人口生育委员会便会从人类基因库中提取人类基因片段，通过随机组合，制造出人类胚胎，为这个世界提供新生儿。
此时人类的新生儿是没有性别的，未来的人类利用生物科技对决定性别的Y染色体进行了编辑。使得新生儿的性别统一为中性，等人类成年后便可自由选择自己所属的性别。可以选择成为男性，可以选择成为女性，也可以继续做中性人。每个人都可以根据个人意愿申请更改自己所属性别。
此时人类的性别将不再是一个固定概念，人们可以不仅可以自由选择自己的性别。也可以自由更改自己的性别。夫妻关系依然存在，维系夫妻关系的羁绊不再是子女，而是纯粹的爱情。所有夫妻依然具有生育子女的权利，只是绝大部分人已经选择了放弃生育。新增人口的绝对主力已经是由机器来完成。计算机利用人类的基因库重组合成并制作出人类的胚胎。
前几个月，人口生育委员会发起了一项“新千年之子”的新提案。新提案决定在这个欢庆的纪念日里，孕育一批新生儿。委员会通过对当前人口总量，上传云端的数量，资源开发总量与经济发展现状等等进行综合分析，最终决定将此批新生儿的数量确定为12283999位。
在地球北极的海洋表面，有一处大型的水面平台，平台上有一个类似金字塔一样的建筑里。此建筑被厚厚的钢筋水泥所包裹，建筑底部有大量的水流穿过机房，带走计算机散发的热量，并与底部海水进行热交换。此时超级计算机正在运行随机编码程序。从人类基因数据库中提取大量的片段基因，正在进行随机重组。在确保人类基因的多样性的同时，确保新人类能够适应环境，并健康成长。
人类胚胎会在机器的子宫中健康成长，并在合适的时间点破壳而出。婴儿破壳的时间与顺序也会作为编号成为唯一的识别号。养育幼崽的责任也会是由机器人来完成。
伴随着新千年的钟声，本书的主角破壳而出，婴儿的啼哭与千年更替的钟声交织在一起。在这批新千年之子中，便诞生了本书的主角，而他的故事将会是一部人类的未来史诗。